La préfecture de Koubia est située à l'est de la ville de Labé, à environ 50 km de celle ci.

Elle  a été créée le 27 juin 1974 par la Loi No. 17/An.

La préfecture couvre une superficie de 3.741 km2, située au nord-est du plateau du Fouta Djallon entre les latitudes 11°30 et 12°20 nord et les longitudes 11°30 et 12°25 ouest. Elle est limitée à l’est par la préfecture de Tougué, à l’ouest par les préfectures de Labé et Mali, au nord par la préfecture de Mali et la République de Mali, et au sud par les préfectures de Labé et Tougué.

Le relief est accidenté, formé d’élévations de plateaux cuirassés et des vallées profondes. Son climat est caractérisé par l’alternance de deux saisons: une saison sèche qui s’étend de novembre à avril, et une saison pluvieuse qui s’étend de mai à octobre. Les sols sont pauvres; les pierres et les roches mères affleurent partout, c’est une véritable bowal, c.-à-d. une cuirasse ferralitique dégagée par érosion en milieu tropical (pl.: bowé).

Avec une population estimée de 117.792 habitants, dont 54,3% femmes, la densité moyenne de la préfecture est de 31 habitants par km2. Cette population se compose de plusieurs ethnies dont, entre autres, les Peulhs, les Djallonkés, les Diakankés et quelques familles d’origines Malinké, Soussous et forestière.